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各種ソフトウェアのビルド

履歴
- 2013/04/11 荻原弘尭

Dennou Debian パッケージのインストール

カギの追加

# apt-key adv --keyserver keyring.debian.org --recv 891D7E07

/etc/apt/sources.list の追加

deb http://www.gfd-dennou.org/library/cc-env/Linux/debian-dennou wheezy main
deb-src http://www.gfd-dennou.org/library/cc-env/Linux/debian-dennou wheezy main
#deb ftp://www.gfd-dennou.org/library/cc-env/Linux/debian-dennou wheezy/
#deb-src ftp://www.gfd-dennou.org/library/cc-env/Linux/debian-dennou wheezy/

update
```
# apt-get update
# apt-get upgrade
```

single CPU 版

NetCDF のインストール

公式ページから netcdf-3.6.3の srcを取得し, 展開する

$ wget http://www.unidata.ucar.edu/downloads/netcdf/ftp/netcdf-3.6.3.tar.gz
$ tar zxvf netcdf-3.6.3.tar.gz
$ cd netcdf-3.6.3

環境変数の設定

$ export CC=pgcc FC=pgfortran F90=pgfortran FFLAGS=-fast F90FLAGS=-fast CPPFLAGS=-DpgiFortran

ビルド

$ ./configure --prefix=/usr/local/netcdf-pgi --disable-cxx
$ make
$ make check
# make install

tool の置き換え

# rm /usr/bin/ncdump
# rm /usr/bin/ncgen
# cd /usr/bin
# ln -s /usr/local/netcdf-pgi/bin/ncdump .
# ln -s /usr/local/netcdf-pgi/bin/ncgen .

gtool5 (single CPU 版) のインストール

公式ページから ispack の最新版を取得し, 展開する(最新版は gtool5-20101228-1 2013/04/11 現在)

$ wget http://www.gfd-dennou.org/library/gtool/gtool5/gtool5_current.tgz
$ tar zxvf gtool5_current.tgz
$ cd gtool5-20101228-1

環境変数の設定
```
$ export FC=pgfortran SYSFFLAGS=-fast
```

ビルド

$ ./configure --prefix=/usr/local/gtool5-pgi --with-netcdf=/usr/local/netcdf-pgi/lib/libnetcdf.a
$ make 
$ make test

**** All Tests were Successful ****

# make install

tool の置き換え

# cd /usr/bin
# ln -s /usr/local/gtool5-pgi/bin/gt5frt .
# ln -s /usr/local/gtool5-pgi/bin/gt5config .

ispack (single CPU 版) のインストール

公式ページから gtool5 の最新版を取得し, 展開する(最新版は ispack-1.0.0 2013/04/11 現在)

$ wget http://www.gfd-dennou.org/library/ispack/ispack-1.0.0.tar.gz
$ tar zxvf ispack-1.0.0.tar.gz
$ cd ispack-1.0.0

README に従い Mkinclude を書きかえる

$ vim ./Mkinclude

DIRS = appack bspack ftpack tdpack snpack sopack sppack \
       flpack fepack fhpack c2pack p2pack p3pack dkpack \
       u2pack pzpack ujpack sjpack \
       p3pack-mpi snpack-mpi sppack-mpi sopack-mpi sjpack-mpi
LIBNAME         = libisp
DESTDIR         = .
STATICLIB       = $(DESTDIR)/$(LIBNAME).a
SHELL           = /bin/sh
MAKE            = make
FC              = pgfortran
FFLAGS          = -fast
#FC             = ifort
#FFLAGS         = -xAVX -openmp
MPIFC           = mpif90
MPIFFLAGS       = -fast
#MPIFC          = mpiifort
#MPIFFLAGS      = -xAVX -openmp
CC              = pgcc
CFLAGS          = -fast
DCLFRT          = dclfrt
AR              = ar
ARFLAGS         = vru
RM              = rm -f
CP              = cp
CPP             = cpp
CPPFLAGS        = -DDIRECT -DIEEE -DASCII -DLEN
AS              = as
MV              = mv -f
RANLIB          = ranlib
CAT             = cat
#SSE            = fort
#SSE            = sse32
#SSE            = sse64
SSE             = avx
NVCC            = nvcc
NVCFLAGS        = -arch=sm_20 -O3

ビルド
```
$ make 
```

library の設置

# cd /usr/local
# mkdir ./ispack
# cd ./ispack
# mkdir ./lib
# cd ./lib
# cp ~/ispack-1.0.0/libisp.a ./

spmodel のインストール

公式ページから spmodel の最新版を取得し, 展開する(最新版は spml-0.7.1 2013/04/11 現在)

$ wget http://www.gfd-dennou.org/library/spmodel/spml_current.tar.gz
$ tar zxvf spml_current.tgz
$ cd spml-0.7.1

環境変数の設定
```
$ export FC=pgfortran SYSFFLAGS=-fast
```

ビルド

$ ./configure --with-netcdf=/usr/local/netcdf-pgi/lib/libnetcdf.a \
  --with-gtool5=/usr/local/gtool5-pgi/lib/libgtool5.a \
  --with-ispack=/usr/local/ispack/lib/libisp.a \
  --prefix=/usr/local/spml-pgi
$ make 
# make install

tool を置く

# cd /usr/bin
# ln -s /usr/local/spml-pgi/bin/spmfrt .
# ln -s /usr/local/spml-pgi/bin/spmconfig .

MPI 版

NetCDF (MPI 版)のインストール

single CPU 版のインストールのときのディレクトリへ移動
```
$ cd netcdf-3.6.3
```

環境変数の設定

$ export CC=mpicc CXX=mpicxx FC=mpif90 F90=mpif90 FFLAGS=-fast F90FLAGS=-fast CPPFLAGS=-DpgiFortran

ビルド

$ ./configure --prefix=/usr/local/netcdf-mpi
$ make
$ make check
# make install

gtool5 (MPI 版)

single CPU 版で持ってきたソースを使用する
```
$ cd gtool5-20101228-1
```
環境変数の設定
```
$ export FC=mpif90 SYSFFLAGS=-fast
```

ビルド

$ ./configure --prefix=/usr/local/gtool5-mpi --with-netcdf=/usr/local/netcdf-mpi/lib/libnetcdf.a --with-mpiexec=/work00/mpich2/bin/mpiexec
$ make
$ make test

**** All Tests were Successful ****

# make install

tool の置き換え

# cd /usr/bin
# ln -s /usr/local/gtool5-pgi/bin/gt5frt.mpi .
# ln -s /usr/local/gtool5-pgi/bin/gt5config.mpi .

ispack (MPI 版) のインストール

single CPU 版で持ってきたソースを使用する
```
$ cd ispack-1.0.0
```

README に従い Mkinclude を書きかえる

$ vim ./Mkinclude

DIRS = appack bspack ftpack tdpack snpack sopack sppack \
       flpack fepack fhpack c2pack p2pack p3pack dkpack \
       u2pack pzpack ujpack sjpack \
       p3pack-mpi snpack-mpi sppack-mpi sopack-mpi sjpack-mpi
LIBNAME         = libisp
DESTDIR         = .
STATICLIB       = $(DESTDIR)/$(LIBNAME).a
SHELL           = /bin/sh
MAKE            = make
FC              = mpif90
FFLAGS          = -fast
#FC             = ifort
#FFLAGS         = -xAVX -openmp
MPIFC           = mpif90
MPIFFLAGS       = -fast
#MPIFC          = mpiifort
#MPIFFLAGS      = -xAVX -openmp
CC              = mpicc
CFLAGS          = -fast
DCLFRT          = dclfrt
AR              = ar
ARFLAGS         = vru
RM              = rm -f
CP              = cp
CPP             = cpp
CPPFLAGS        = -DDIRECT -DIEEE -DASCII -DLEN
AS              = as
MV              = mv -f
RANLIB          = ranlib
CAT             = cat
#SSE            = fort
#SSE            = sse32
#SSE            = sse64
SSE             = avx
NVCC            = nvcc
NVCFLAGS        = -arch=sm_20 -O3

ビルド
```
$ make 
```

library の設置

# cd /usr/local
# mkdir ./ispack-mpi
# cd ./ispack-mpi
# mkdir ./lib
# cd ./lib
# cp ~/ispack-1.0.0/libisp.a ./

spmodel のインストール

single CPU 版のインストールのときのディレクトリへ移動
```
$ cd spml-0.7.1
```
環境変数の設定
```
$ export FC=mpif90 SYSFFLAGS=-fast
```

ビルド

$ ./configure --with-netcdf=/usr/local/netcdf-mpi/lib/libnetcdf.a \
  --with-gtool5=/usr/local/gtool5-mpi/lib/libgtool5.a \
  --with-ispack=/usr/local/ispack-mpi/lib/libisp.a \
  --with-mpifc=/work00/mpich2/bin/mpif90 \
  --prefix=/usr/local/spml-mpi
$ make 
# make install

tool を置く

# cd /usr/bin
# ln -s /usr/local/spml-pgi/bin/spmfrt .
# ln -s /usr/local/spml-pgi/bin/spmconfig .