MPI のインストールと設定

• 履歴
  • 2012/08/12 杉山耕一朗
  • 2013/04/03 小高正嗣, 荻原弘尭
  • 2013/04/05 小高正嗣, 荻原弘尭
  • 2013/04/09 杉山耕一郎, 荻原弘尭
  • 2013/04/10 荻原弘尭

インストール

PGI fortran でコンパイルしインストールする.

環境設定

• システム全体で使えるように PGI fortran に対してパスを通す(ログインノード, 計算ノード両方必要)

  # vi /etc/profile.d/pgi.sh
  
  export PATH=$PGI/linux86-64/2012/bin:$PATH
  export MANPATH=$MANPATH:$PGI/linux86-64/2012/man
  export LM_LICENSE_FILE=$PGI/license.dat

• MPI まわりのインストール先にもパスを通す

  # vi /etc/profile.d/mpich.sh
  
  export PATH=/work00/mpich2/bin:$PATH

mpich のインストール

• <URL:http://www.mpich.org> より, 最新版 mpich を取得する(最新版は mpich-3.0.3 (2013/04/04 現在))

  $ wget http://www.mpich.org/static/tarballs/3.0.3.tar.gz
  $ tar zxvf mpich-3.0.3.tar.gz
  $ cd mpich-3.0.3/

• mpich2 のコンパイルおよびインストール

  • コンパイルオプションの付け方は, PGI fortranのサポートページ <URL:http://www.softek.co.jp/SPG/Pgi/TIPS/public/general/mpich2_install2.html>を参照. 但し, OSC mpiexec を後でインストールするので --with-device オプションは指定しない

    $ export CC=pgcc FC=pgfortran F77=pgfortran CXX=pgcpp CFLAGS=-fast \
      FCFLAGS=-fast FFLAGS=-fast CXXFLAGS=-fast MPICH2LIB_LDFLAGS=-pgf90libs
    $ ./configure --enable-shared --prefix=/work00/mpich2
    $ make
    $ sudo -s
    # export PGI=/work00/pgi
    # export PATH=$PGI/linux86-64/2012/bin:$PATH
    # make install

テストプログラムの実行

ソフテックの解説ページ <URL:http://www.softek.co.jp/SPG/Pgi/TIPS/public/general/mpich2_install2.html>に記載されているテストプログラムを作成し, 実行してみる.

• Fortran プログラム(single 実行)

  $ mpif90 mpihello.f
  $ ./a.out
  Hello - I am process 0 host hikari
  Hello world! I'm node

• C プログラム(single 実行)

  $ mpicc myname.c
  PGC-W-0156-Type not specified, 'int' assumed (myname.c: 3)
  PGC/x86-64 Linux 11.10-0: compilation completed with warnings
  $ ./a.out
  My name is hikari

OSC mpiexec のインストール

ジョブスケジューラ pbs (torque はそのフリー版) を使う場合 Hydra mpiexec (mpich のデフォルト) と OSC mpiexec がある. Hydra mpiexec は各ユーザが計算ノードに nopass login できないといけないようなので OSC mpiexec を使う

参考:<URL:http://www.mpich.org/static/docs/guides/mpich2-1.5-userguide.pdf>, <URL:http://www.clusterresources.com/torquedocs21/7.1mpi.shtml>

• ジョブスケジューラ torque のライブラリだけインストール(torque のライブラリがないと OSC mpiexec がインストールできない)

  # apt-get install libtorque2 libtorque2-dev

• mpiexec の入れ替え および OSC mpiexec のインストール

  • デフォルトのリンクを消す

    # rm /work00/mpich2/bin/mpiexec

  • OSC mpiexec のページから OSC mpiexec の最新版(最新版は mpiexec-0.84(2013/04/04 現在))を取得する

    $ wget https://www.osc.edu/~djohnson/mpiexec-0.84.tgz
    $ tar zxvf mpiexec-0.84.tgz
    $ cd mpiexec-0.84
    $ export CC=gcc
    $ ./configure --with-default-comm=mpich2-pmi --prefix=/work00/mpich2
    $ make
    $ sudo -s
    # make install

参考文献

• http://www.clusterresources.com/torquedocs21/7.1mpi.shtml
• http://mps.q.t.u-tokyo.ac.jp/~arai/mpiclub/torque_mpich2_settings.html
• http://naozoblog.blogspot.com/2007/02/torque.html
• http://max01.skr.jp/blog/cat6/mpich2/
• http://max01.skr.jp/blog/2006/11/rsh.html
• PGIコンパイラによる MPICH ライブラリ環境の構築（Linux) <URL:https://www.softek.co.jp/SPG/Pgi/TIPS/public/general/mpich2_install.html>
• Mpiexec home page <URL:https://www.osc.edu/~djohnson/mpiexec/>